あり得ない場所に、あり得ないものが突如落下してくる武蔵野怪雨現象の最中、再びナギの前に現れた闇色の瞳の美少女・美鶴木夜石。

"血の雨が降る時計塔"の背後で蠢く皇鳴学園の歪みの果てに、学園から"消失"した少女・篁亜矢名の影が立ち上がる。

「人は、悪意の塊さ」──亜矢名の言葉に瞳を妖しく輝かせ、そして夜石は、"失踪"した──。